El término prebiótico se refiere a los ingredientes de los alimentos no digeribles que producen efectos beneficiosos sobre el huésped estimulando selectivamente el crecimiento y/o actividad de un tipo o de un número limitado de bacterias en el colon. Esta definición se solapa en parte con la definición de fibra dietética, aunque añade la selectividad de los prebióticos sobre ciertos microorganismos en concreto (por ejemplo, la ingestión de fructooligosacáridos y la inulina favorecen a las bifidobacterias de forma selectiva).

Los prebióticos no son microorganismos vivos, la diferencia con los probióticos es que éstos son simplemente sustancias que estimulan el crecimiento de los probióticos y otras bacterias que se encuentran en nuestro organismo como constituyentes de la flora intestinal.

Los prebióticos actúan junto a los probióticos, repoblando la flora intestinal y optimizando sus funciones a favor de la salud de nuestro organismo.